2026年7月28日，南非西海岸首次发现海面漂浮死沙丁鱼，随后死亡事件沿海岸线向东蔓延，波及纳米比亚亨蒂斯湾至南非东开普省姆博齐之间2600公里的海域。南非林业、渔业与环境部9月13日确认，实验室检测在死鱼中检出沙丁鱼疱疹病毒(PHV)，基因序列与澳大利亚PHV病毒99.7%匹配。
PHV此前从未在南非沙丁鱼中报告过。科学界认为，进口冷冻沙丁鱼可能将病毒带入南非海域。2016年一篇论文曾警告不要进口冷冻沙丁鱼。澳大利亚曾暴发PHV疫情，导致受影响种群高达60%的死亡率。目前死亡规模难以估量，多数死鱼已沉入海底。
面对疫情，南非政府批准实施预防性捕捞限额，每名持有人最多只能捕捞本季剩余定向总可捕量的33%。科学评估认为，现有证据未显示沙丁鱼种群减少到足以关闭渔业的程度，且PHV不构成人类健康风险。但环保组织呼吁完全暂停捕捞，理由是濒危非洲企鹅生存与沙丁鱼生物量强相关。
死亡事件发生时，南非鳀鱼和沙丁鱼捕捞量已处于多年低位。当地最大沙丁鱼罐头企业约80%原料依赖进口，受原料短缺影响，罐头产量一度下降60%。南非政府承诺采取预防性、基于证据的应对措施，包括对持有人未完成的捕捞配额实施临时限制，持续监测检测，并计划于10月、11月开展水声学调查。